Odnaleziono pierwsze najstarsze świadectwo wydane w szkole w Kowalczukach w 1921-1922 roku szkolnym. Była to czteroletnia szkoła powszechna w Kowalczukach należąca do Wileńskiego Okręgu Szkolnego. Nauczanie odbywało się w języku polskim. Nauczano 10 przedmiotów.

Ten dokument stwierdza, że po I wojnie światowej w Kowalczukach była szkoła powszechna z polskim językiem nauczania. Oceniano uczniów następująco: bardzo dobrze, dobrze, dostatecznie i niedostatecznie.

Inne świadectwo odnalezione w roku 1940 stwierdza, że w latach 1939-1940 w Kowalczukach była sześcioletnia szkoła początkowa 2-ego stopnia, w której nauka odbywała się wyłącznie w języku litewskim.

Po II wojnie światowej szkoła rozpoczęła swą pracę w 1945 roku. W roku szkolnym 1945-1946 były 4 klasy szkoły początkowej i 5, 6 klasa progimazjum. Szkoła nosiła nazwę: Kowalczuckie progimnazjum gminy Szumsk powiatu wileńskiego Republiki Litewskiej. A mieściła się w byłym gmachu leśnictwa Kowalczuckiego.

Szkoła była bardzo biedna. Nie miała żadnego wyposażenia i pomocy poglądowych. Były tylko czarne samodziałowe ławki, stoły dla nauczycieli, tablice w klasach oraz taborety.

Od 1 września 1948 roku dyrektorem szkoły został mianowany Gorbatow Dmitrij Iwanowicz, który do wojny był nauczycielem historii.

W 1952-1953 roku szkolnym było już 250 uczniów, którzy uczyli się w równoległych klasach początkowych oraz w klasach 5-7. Ilość nauczycieli przekroczyła 20 osób. Nauczanie odbywało się w językach rosyjskim i polskim. Szkoła zaczęła zdobywać nowe pomoce poglądowe, literaturę piękną oraz przyrządy z fizyki, chemii i biologii. Od roku 1960 i w latach następnych szkoła corocznie się rozrastała. Dochodziły dzieci z pobliskich szkół początkowych: kieńskiej, szumskiej, wielkokosińkiej i innych. Lekje odbywały się w dwie zmiany w 5 gmachach: gmachu podstawowym oraz 4 wiejskich domach. Powstała wielka konieczność budowy nowej szkoły, której budowę rozpoczęto w kwietniu 1964 roku i oddano do użytku 12 września 1965 roku. Szkoła została obliczona na 450 uczniów.

Od 1 września 1966 roku szkoła została przekształcona na szkołę średnią. Naukę pobierało 450 uczniów, i pracowało ponad 40 nauczycieli. Nauka odbywała się w językach rosyjskim i polskim. Swą działalność zaczęła też wieczorowa szkoła pracującej młodzieży. W końcu lat 80-ych nauka w szkole odbywa się w trzech pionach: w języku rosyjskim, polskim i litewskim.

Od maja 1992 roku dyrektorem szkoły zostaje Zygmunt Jaświn. W roku 1994 szkoła została wyświęcona przez ówczesnego proboszcza, księdza Dariusza Stańczyka.

Dzięki staraniom dyrektora, Rady Szkoły, uczniów i rodziców 21 grudnia 2000 roku w uroczystej atmosferze odbyło się założenie kamienia węgielnego z listem do przyszłych pokoleń pod fundament przyszłej sali sportowej i dobudówki. W uroczystości uczestniczyli mer rejonu wileńskiego Leokadia Januszauskienie,  wiceminister oświaty Republiki Litewskiej Jan Dzilbo, zastępca kierownika wydziału oświaty rejonu wileńskiego Sofija Ryżowa, radna Rady Samorządu rejonu wileńskiego Ludmiła Jurewicz, starościna gminy kowalczuckiej Krystyna Gierasimowicz, księża parafii szumskiej Wojciech Górlicki i Zdzisław Bochniak, nauczyciele, uczniowie, rodzice i budowniczowie firmy „Portalas“.

Od 1 września 2001 roku uczniowie, nauczyciele i mieszkańcy osiedla korzystają z nowej sali sportowej, a od 2002 roku z dobudówki, w której rozmieściły się stołówka, dwie pracownie, pokoje nauczycielski i administracji szkoły.

Uchwałą Rady Samorządu rejonu wileńskiego od 15 grudnia 1999 roku szkoła nosi imię Stanisława Moniuszki.

Od 2005 roku w szkole odbywają się lekcje wyłącznie w języku polskim.

W wyniku pomyślnego przebiegu akredytacji 13 lipca 2012 roku na podstawie uchwały Rady samorządu rejonu wileńskiego szkoła uzyskała miano gimnazjum.
Gimnazjum im. Stanisława Moniuszki w Kowalczukach to przyjazna młodzieży placówka oświatowa, wychowująca uczniów w duchu europejskich  tradycji chrześcijańskich, otwartych na świat, kreatywnych  i lojalnych  obywateli Litwy, w której proces dydaktyczno-wychowawczy na wszystkich szczeblach nauczania odbywa się w języku polskim.